این مسجد بنایی است بسیار قدیمی و در نهایت شکوه و جلال که علاوه بر روحانیت معنوی دارای ظاهری دلچسب و فرح انگیز است. با گذشت ۱۱۰۰ سال هم‌چنان این بنا بلندترین عمارت Ghayen می‌باشد .
مسجد جامع قاین ۲۴۷۰ مترمربع وسعت داشته که ۱۰۵۰ مترمربع آن زیر بنای ایوان شبستان‌ها و حجره‌ها و ۱۲۰۰ مترمربع عرضه داخلی می‌باشد. حیاط مسجد محوطه‌ای به درازای ۳۳ و پهنای ۲۸ متر است. در اطراف حیاط حجره‌هایی به عمق ۲ متر قرار دارد از شاهکارهای معماری مسجد ایوان آن است، عرض ۱۱ متر و طول ۲۲ متر ساخته شده است. پیشتر دو مناره در دو سمت ایوان به ارتفاع ۵ متر وجود داشته که باعث زیبایی بیشتر مسجد می‌شد و تا قبل از ویرانی صدای موذن از آن به گوش می‌رسیده است. سقف ایوان ۴ طاق و ۳ گنبد دارد که به طرز زیبایی رنگ آمیزی و تزیین شده و معرق‌کاری‌هایش بسیار ظریف و زیبا است نقاشی های ایوان به شیوه اصفهانی بوده و در دوره صفویان انجام شده است. دو شبستان در دو سمت ایوان علاوه بر این که در فصل زمستان استفاده خوبی دارند برای جلوگیری از رانش دیوارهای اطراف ایوان تاثیر بسزایی دارند.